胡宗憲當即修書一封，遣快馬急馳京師，上奏嘉靖帝，言及鹽商首領潛逃之事，并請旨定奪。

    嘉靖帝覽奏，龍顏大怒，拍案罵道：“此輩奸商，竟敢潛逃海外，逃避國法，實乃罪大惡極！朕意已決，必將其緝拿歸案，明正典刑，以儆效尤！”

    于是，嘉靖帝再下密詔，令錦衣衛指揮使陸炳，協同東廠提督馮保，速速擒拿鹽商首領及其余黨，務求一網打盡，不留后患。詔書道：“這些奸商，阻撓國法，欺壓百姓，罪不容誅。你們當須竭力緝捕，勿使其逃脫法網。凡涉案之人，無論貴賤，都在緝拿之列。務使鹽法得以施行，百姓得以安居樂業，朕亦不負你們的忠勤。”

    陸炳、馮保接詔后，即刻調集人手，分頭行事，一面加大對鹽商首領及其黨羽的緝捕力度，一面加強對江南各地鹽運的監察，以防鹽商再行阻撓。二人都深知此事關乎國體民心，絲毫不敢懈怠，陸炳親率錦衣衛鐵騎，遍搜江南各地，凡有鹽商首領及其黨羽的蛛絲馬跡，均不放過，而馮保則坐鎮京師，調度東廠番子，密切監視京城內外動靜，以防鹽商余黨有所圖謀。

    不久過后，陸炳捷報頻傳，言已擒獲鹽商首領數人，其余黨羽亦紛紛落網。這些鹽商初時尚欲負隅頑抗，然錦衣衛鐵騎神勇，東廠番子機敏，他們終是難逃法網。凡被擒獲之人，都被押解至總督府，由胡宗憲親自審訊。

    胡宗憲升堂審訊，威儀赫赫，直視階下囚徒，厲聲道：“爾等身為鹽商，本應奉公守法，緣何膽敢阻撓鹽法，欺壓百姓？今被擒獲，尚有何辭？”

    鹽商首領聞胡宗憲厲聲責問，面如土色，匍匐在地，顫聲答道：“小人等一時財迷心竅，誤入歧途，還望大人寬宏大量，饒小人一命。”

    胡宗憲聽罷，怒目圓睜，拍案而起，斥道：“爾等欺壓百姓，阻撓國法，罪孽深重，尚敢妄求活命？真乃冥頑不靈！來人啊，將其等押入天牢，待本官上奏朝廷，再行定奪。”

    胡宗憲既斥，就令近侍將鹽商首領及其黨羽押入天牢，嚴加看管，以防逃逸。

    旋即，胡宗憲復坐堂上，沉吟片刻，揮毫疾書，再上一疏，詳述鹽商作惡多端之事，并奏請嘉靖帝圣裁。

    奏疏道：“臣胡宗憲頓首上言，近日鹽商首領潛逃海外，阻撓鹽法，欺壓百姓，罪狀昭彰。幸得陛下圣明，密詔陸炳、馮保，嚴緝兇頑。今陸炳已擒獲鹽商首領數人，其余黨羽亦相繼落網。此皆陛下威福所致，臣等不過奉行天討。然鹽商作惡多端，欺壓百姓之狀，實不忍聞。臣請陛下圣裁，或明正典刑，以彰國法；或寬其一線，以示皇恩。然無論圣裁若何，臣必鞠躬盡瘁，以保鹽法施行，百姓安居樂業。臣不勝惶恐之至，謹昧死上聞。”

    書畢，命心腹即遣快馬馳送京師。

    嘉靖帝覽其疏，嘉其忠勤，對胡宗憲的心腹說道：“胡卿所奏，深得朕心。此輩奸商，罪有應得。然法度之外，亦須兼顧人情。朕欲施仁政于天下，豈可一概而論？”

    嘉靖帝既嘉胡卿之奏，于是沉吟片刻，續下詔道：“胡卿忠勤可嘉，所奏鹽商之事，朕已知曉。此輩奸商，欺壓百姓，阻撓國法，實乃國之大患。今既擒獲，當須明正典刑，以彰國法。然朕亦知，法度之外，須兼顧人情。朕欲施仁政于天下，豈可一味嚴刑峻法？爾等當須詳察案情，對那些真心悔過、愿助國施法者，可予寬宥，令其戴罪立功。如此，既彰國法，亦顯朕之寬宏。胡卿素有忠心，朕深信卿必能妥善處理此事，以安民心。卿當須竭力而行，勿負朕之厚望。”

    心腹領命，即刻馳馬回江南，將嘉靖帝之意轉達胡宗憲。

    胡宗憲聞詔，心懷敬畏，叩謝圣恩，道：“陛下隆恩浩蕩，微臣感激涕零。臣必當鞠躬盡瘁，死而后已，以報陛下知遇之恩。此輩鹽商，作惡多端，欺壓百姓，阻撓國法，今既擒獲，自當明正典刑，以彰國法。然陛下仁心宅厚，欲施仁政于天下，臣亦當體察圣意，對那些真心悔過者，予以寬宥，令其戴罪立功。如此，既不失國法之威嚴，又顯陛下之寬宏。臣即刻行文各府州縣，詳察案情，務必做到公正無私，以安民心。”

    胡宗憲既承圣命，即刻行文各府州縣，令其詳察鹽商案情，務求公正無私。其文道：“近日鹽商作亂，欺壓百姓，阻撓國法，幸得陛下圣明，密詔擒拿，今已伏法者眾。然法度之外，須兼顧人情，我等當須詳察案情，對那些真心悔過、愿助國施法者，可予寬宥，令其戴罪立功。如此，既彰國法，亦顯陛下之寬宏。我等身為臣子，當須竭力而行，勿負陛下厚望。今行文各府州縣，望爾等詳察案情，公正無私，以安民心。”

    各府州縣接文后，皆不敢懈怠，即刻詳察案情，凡有鹽商涉案者，皆一一記錄在案，上呈胡宗憲。胡宗憲親自審閱，對那些真心悔過、愿助國施法者，一一寬宥，令其戴罪立功；對那些冥頑不靈、繼續作惡者，則嚴懲不貸，明正典刑。

    于是，江南鹽事漸趨平穩，百姓安居樂業，商賈亦各遵秩序，不復有阻撓國法之事。